枯萎病在地势低洼、天气湿闷的环境中发病较为严重。连作且施用没有充分腐熟的土杂肥，会导致苦瓜根部发育受阻，易引发枯萎病。苦瓜枯萎病的病原以厚垣孢子或菌丝体在土壤、肥料中越冬，成为次年主要初侵染源。通过灌溉水或雨水传播，从植株地上部的伤口侵入，进行再侵染，而地下部当年很少再侵染。地势低洼、植株根系发育不良也易发生枯萎病。